中医针灸师证书的颁发部门有很多，其中比较正规的有国家中医药管理局、各省市中医药管理部门、中医药院校等，这些部门颁发的证书都是经过严格考核和认证的，具有一定的权威性和可信度。

国家中医药管理局是国家级卫生健康行政部门，负责全国中医药事业的管理和监督工作，该机构颁发的中医针灸师证书是全国范围内通用的，具有较高的权威性和认可度，各省市中医药管理部门也会根据实际情况制定相应的考核标准和认证程序，颁发相应的中医针灸师证书，这些证书虽然在权威性上略逊于国家中医药管理局颁发的证书，但也是比较正规和可信的。

中医药院校也会开设相关的专业课程和培训班，为学生提供中医针灸师培训服务，毕业后，学生可以获得学校颁发的中医针灸师证书，虽然这种证书在权威性和认可度上相对较低，但对于从事中医针灸工作的人员来说，也是一种比较重要的资质证明。

无论选择哪种颁发部门颁发的中医针灸师证书，都需要注重其权威性和可信度，并且要结合自身的实际情况进行综合考虑，在选择培训机构时也要慎重选择，选择正规、有资质、口碑好的机构进行学习。