心理咨询师证书的颁发部门主要有两个，分别是：国家卫生健康委员会(简称卫健委)和中国心理卫生协会(简称心理协会)，这两个部门都是经过国家批准、具有权威性的专业机构，负责对心理咨询师的专业能力进行评估和认证。

国家卫生健康委员会是负责我国卫生健康事业的主管部门，其下设有多个部门，其中包括卫生健康发展规划司、卫生发展研究中心等，在这些部门中，有一些专门负责心理健康领域的工作，如心理健康司、心理健康教育与健康促进中心等，这些部门会定期组织心理咨询师的培训和考试，合格者将获得国家卫生健康委员会颁发的心理咨询师证书。

中国心理卫生协会是一个非营利性的专业组织，成立于1989年，是由国内外心理学界知名专家、学者和工作者自愿组成的全国性社会团体，中国心理卫生协会的主要职责是推动我国心理卫生事业的发展，提高心理卫生服务水平，加强心理健康教育和科学研究，培养和选拔心理咨询师等，中国心理卫生协会会对会员进行严格的资质审核，确保其具备足够的专业知识和技能，通过中国心理卫生协会颁发的心理咨询师证书，具有较高的权威性和认可度。

心理咨询师证书的颁发部门主要包括国家卫生健康委员会和中国心理卫生协会，这两个部门都是经过国家批准、具有权威性的专业机构，负责对心理咨询师的专业能力进行评估和认证，获得这两个部门颁发的心理咨询师证书，对于从事心理咨询工作的专业人士来说，具有很高的价值和认可度。