针灸师证书的发放主要由各省、自治区、直辖市的卫生健康委员会负责，这些机构会定期组织针灸师资格考试，考试合格者将获得针灸师资格证书，针灸师证的发放并非只由卫生健康委员会负责，还有一些其他机构也会发放针灸师证书。

中医药大学是颁发针灸师证书的主要机构之一，中医药大学通常设有专门的中医药学院或针灸推拿学院，这些学院会组织针灸师资格考试，并颁发针灸师证书，一些中医药大学还会与社会上的针灸培训机构合作，共同培养和选拔合格的针灸师。

一些行业协会和专业组织也会颁发针灸师证书，中国针灸学会、中华中医药学会等，这些组织会对参加针灸师资格考试的人员进行严格的选拔和培训，确保他们具备足够的专业知识和技能，通过考试并完成一定的实践经验积累后，考生可以获得这些组织的针灸师证书。

一些地方政府部门也会参与到针灸师证书的发放中，在某些地区，政府会设立专门的针灸师培训基地，为当地居民提供免费的针灸师培训课程，培训合格者可以申请领取针灸师证书，这种做法旨在推广和发展针灸事业，提高人民群众的健康水平。

针灸师证的发放涉及到多个部门和机构，包括卫生健康委员会、中医药大学、行业协会和专业组织、地方政府等，不同的发放机构可能会有不同的标准和要求，但最终目的都是为了确保针灸师具备足够的专业知识和技能，为广大患者提供优质的针灸服务，选择哪个机构发放针灸师证书并不是最重要的，关键是要找到一个能够提供高质量教育和培训的机构。