中医康复理疗师证书的颁发部门主要有两个，分别是国家中医药管理局和人力资源和社会保障部，这两个部门都是我国卫生健康领域的主管部门，对于中医康复理疗师的培训、考核和证书颁发都有着严格的监管和管理。

国家中医药管理局是中华人民共和国国务院直属的部门，负责全国中医药事业的发展和管理，国家中医药管理局下设多个司局，其中包括中医药管理司、中西医结合司等，在这些司局中，负责中医康复理疗师培训和证书颁发的具体部门是中医药管理司，该司的主要职责包括制定中医药事业发展规划、组织实施中医药标准化工作、指导和监督中医药人才培养等，在中医药管理司的指导下，各地中医药管理部门会组织开展中医康复理疗师的培训和考核工作，对合格者颁发中医康复理疗师证书。

人力资源和社会保障部是我国政府负责人力资源开发和管理的部门，其主要职责包括制定人力资源政策、规划和标准、组织实施职业资格制度等，在人力资源和社会保障部的指导下，各地人力资源和社会保障部门会组织开展中医康复理疗师的培训和考核工作，对合格者颁发中医康复理疗师证书。

中医康复理疗师证书的颁发部门主要是国家中医药管理局和人力资源和社会保障部，这两个部门都是我国卫生健康领域的主管部门，对于中医康复理疗师的培训、考核和证书颁发都有着严格的监管和管理，在这两个部门的指导下，广大中医康复理疗师可以获得权威、有效的证书，为患者提供高质量的康复治疗服务。