高级农艺师证书发证机关是中华人民共和国农业部，农业部是我国主管农业和农村经济工作的部门，负责制定农业政策、规划和标准，推动农业科技创新，指导农业生产和农村经济发展等，高级农艺师证书是在农业领域具有较高专业技术水平和丰富实践经验的人员的资格认证，是对个人专业能力的肯定和认可。

高级农艺师证书的发证程序主要包括以下几个环节：

1、申请人提交申请材料：申请人需要准备相关材料，包括个人简历、学历证明、工作经历证明、职称评定意见等，以便农业部对申请人的专业能力和业绩进行审核。

2、农业部组织专家评审：农业部会组织专家对申请人的材料进行评审，评估申请人的专业水平、技术能力、实践经验等方面的综合素质。

3、考试或考核：根据评审结果，农业部可能会要求申请人参加相应的考试或考核，以进一步验证其专业能力，考试或考核的内容通常包括专业知识、技术应用、实践操作等方面。

4、综合评定：农业部会根据申请人的申请材料、专家评审结果、考试或考核成绩等多方面因素进行综合评定，确定是否颁发高级农艺师证书。

5、颁发证书：经过综合评定合格的申请人，农业部会颁发高级农艺师证书，并在相关网站上公示，以示公信力。

高级农艺师证书的发证机关是农业部，这意味着持有该证书的人员在我国农业领域具有较高的权威性和认可度，随着我国农业现代化进程的推进，高级农艺师的需求将越来越大，具备相关资格证书的人才将在农业生产、科研、技术推广等方面发挥重要作用，高级农艺师证书也是农业从业人员职业发展的重要依据，有助于提高个人职业素养和竞争力。