高级农艺师证书发证机关是中华人民共和国农业部。

高级农艺师证书是由农业部颁发的一种专业技能人才资格证书，是对具有较高农业生产技术和管理水平的专业人员进行评价和认可的重要依据，该证书的发放旨在推动我国农业现代化进程，提高农业生产效率和质量，促进农村经济的发展。

获得高级农艺师证书的人员需要具备一定的专业知识和实践经验，通过严格的考试和评审程序后方可获得，该证书具有较高的权威性和公信力，被广泛应用于农业领域的招聘、晋升、评奖等方面。

农业部作为高级农艺师证书的发证机关，负责组织和管理全国范围内的高级农艺师考试和评审工作，农业部还设有专门的管理机构，负责对高级农艺师证书的申请、审核、颁发等环节进行监督和管理，确保证书的真实性和有效性。

高级农艺师证书发证机关是中华人民共和国农业部，它是对农业领域专业人才的一种重要认证，具有较高的权威性和公信力。