中医针灸师证书的颁发部门有很多，其中比较正规的有国家中医药管理局、各省市中医药管理部门、中医药大学等，这些部门颁发的证书都是经过严格考核和认证的，具有一定的权威性和可信度。

国家中医药管理局是国务院直属事业单位，负责全国中医药事业的管理和监督工作，该局颁发的中医针灸师证书是由国家中医药管理局组织专家评审委员会进行评审认定的，具有较高的权威性。

各省市中医药管理部门也是比较正规的颁发机构之一，例如北京市卫生健康委员会、上海市卫生健康委员会、广东省卫生健康委员会等，这些部门都会定期组织中医针灸师考试，并颁发相应的证书。

一些知名的中医药大学也会开设中医针灸专业，并颁发相应的证书，例如北京中医药大学、上海中医药大学、广州中医药大学等，这些大学的中医针灸专业都有着悠久的历史和丰富的教学经验，其颁发的证书也具有一定的权威性。

无论选择哪个部门颁发的中医针灸师证书，都需要具备一定的专业知识和技能才能胜任工作，在选择培训机构时也要谨慎选择，避免上当受骗。