中医针灸师证书的颁发部门主要有两个，分别是国家中医药管理局和各省、自治区、直辖市中医药管理部门，这两个部门都是经过国家授权的正规机构，负责全国范围内的中医药行业的管理和监督工作。

国家中医药管理局是中华人民共和国国务院直属的部门，主要负责制定和实施中医药事业的发展规划、政策和标准，以及对全国中医药行业的监督管理，国家中医药管理局下设多个司局，其中包括针灸司，负责全国范围内的针灸业务管理工作，国家中医药管理局颁发的中医针灸师证书具有很高的权威性和认可度，是从事中医针灸工作的必备证书。

各省、自治区、直辖市中医药管理部门则是在国家中医药管理局的基础上，根据本地区的实际情况，制定和实施本地区的中医药管理政策和标准，这些部门也会对本地区的中医针灸师进行资格认证和培训工作，发放相应的证书，虽然这些证书的权威性和认可度可能略低于国家中医药管理局颁发的证书，但在当地范围内仍然具有一定的参考价值。

中医针灸师证书的正规部门主要是国家中医药管理局和各省、自治区、直辖市中医药管理部门，这两个部门都是经过国家授权的正规机构，负责全国范围内的中医药行业的管理和监督工作，在选择中医针灸师证书时，建议选择由这两个部门颁发的证书，以确保证书的权威性和认可度，还要注意查询证书的真实性，避免购买到假冒伪劣的证书。