健康管理师证书是由哪个部门颁发的，这个问题的答案可能会因地区和国家的不同而有所差异，健康管理师证书通常由卫生健康委员会颁发。

卫生健康委员会是中国的一个政府部门，负责全国的公共卫生和医疗卫生工作，它的主要职责包括制定和实施卫生政策、法规和标准，监督和管理卫生服务，以及提供健康教育和预防保健服务等。

在颁发健康管理师证书的过程中，卫生健康委员会会对申请人进行严格的审核，确保其具备相关的专业知识和技能，能够胜任健康管理工作，健康管理师还需要通过专业的考试，获得相应的资格证书。

无论在哪个国家或地区，健康管理师证书都是由相关部门或机构颁发的，这些部门或机构通常都是负责管理和监督公共卫生和医疗卫生工作的政府机构，如果你想成为一名健康管理师，就需要了解你所在地区的相关规定，并按照要求进行申请和培训。