营养配餐师证书是由多个机构和部门发放的，包括但不限于以下几种：

1、国家卫生健康委员会：作为国家级卫生健康行政部门，国家卫生健康委员会负责制定和管理营养配餐师的相关政策和标准，对符合条件的人员进行资格认证。

2、中国营养学会：中国营养学会是一个专业性很强的学术组织，负责组织和开展营养学领域的研究工作，营养学会可以为符合要求的学员颁发营养配餐师证书，以证明其在营养学方面的专业能力。

3、各省市卫生健康委员会：各省市卫生健康委员会在国家卫生健康委员会的指导下，负责本地区的营养配餐师管理工作，各地卫生健康委员会可以根据本地实际情况，制定具体的资格认证标准和程序，并对符合条件的人员发放营养配餐师证书。

4、职业培训机构：为了满足市场对于营养配餐师的需求，各地还设有职业培训机构，专门从事职业技能培训工作，这些培训机构可以为学员提供系统的营养配餐知识和技能培训，并颁发相应的证书。

5、企事业单位：一些大型企事业单位为了提高员工的健康水平和工作效率，会设立专门的营养室或聘请专业的营养师为员工提供营养配餐服务，这些企事业单位可以自行设立营养配餐师的认证标准和程序，对符合条件的人员发放证书。

营养配餐师证书的发放涉及到多个部门和机构，需要遵循统一的标准和程序，随着人们对健康饮食的重视程度不断提高，营养配餐师的需求也在不断增加，未来有望出现更多的营养配餐师培训机构和颁发机构。