高级农艺师证是由中华人民共和国农业农村部颁发的，是国家对农业技术人员职业能力的一种认定，农业农村部是我国农业和农村经济的主管部门，负责制定和实施农业、农村经济政策，推动农业现代化建设，保障国家粮食安全，促进农民增收等。

高级农艺师证的发证机关主要有以下几个部门：

1、农业农村部：农业农村部负责全国农业和农村工作的领导、指导和监督，制定农业和农村经济政策，推动农业现代化建设，保障国家粮食安全，促进农民增收等，农业农村部还负责对农业技术人员的职业能力进行认定，发放高级农艺师证书。

2、各省、自治区、直辖市农业农村厅(局):各省、自治区、直辖市农业农村厅(局)作为地方政府部门，负责本行政区域内的农业和农村工作，执行农业农村部的政策和指示，各省、自治区、直辖市农业农村厅(局)在农业农村部的指导下，负责本行政区域内农业技术人员的培训、考核和发证工作。

3、各级农业技术推广站：农业技术推广站是农业农村部设在基层的机构，负责推广农业新技术、新品种、新模式，提高农业生产效率和农民收入，农业技术推广站在农业农村部和各级农业农村厅(局)的指导下，负责本行政区域内农业技术人员的培训、考核和发证工作。

4、有关高等学校：高等学校是培养农业技术人才的重要基地，其农业科技学院、农业大学等院校在农业农村部和各级农业农村厅(局)的指导下，负责本校农业技术专业的教学和科研工作，为高级农艺师证书的发放提供人才支持。

高级农艺师证的发证机关包括农业农村部及其下属各省、自治区、直辖市农业农村厅(局),以及各级农业技术推广站和高等学校，这些部门共同参与高级农艺师证书的发放工作，确保了证书的权威性和公信力。