根据《中华人民共和国药师法》规定，取得《执业药师职业资格证书》的人员，应当按照规定的期限到所在地药品监督管理部门办理注册手续，商务单证员证书和执业药师职业资格证书是两个不同的证书，因此无法直接比较有效期的长短。

商务单证员证书是指在国际贸易中负责处理各种单证事务的专业人员所持有的证书，该证书通常由各国政府或行业协会颁发，有效期一般为三年或五年不等。

而执业药师职业资格证书则是国家对从事药学工作的人员进行资格认定的一种方式，该证书的有效期也为三年或五年，但需要在有效期内到当地药品监督管理部门办理注册手续才能继续从事药学工作。

如果您已经获得了商务单证员证书，想要考取执业药师职业资格证书并从事药学工作，需要先满足相关的学历、工作经验等要求，然后通过执业药师考试获得资格证书，获得资格证书后，您需要在有效期内到当地药品监督管理部门办理注册手续，否则将无法继续从事药学工作，具体的注册流程和要求可能因地区而异，建议您咨询当地的药品监督管理部门或相关机构了解详情。