中医针灸师证书的颁发部门有很多，其中比较正规的有国家中医药管理局、各省市中医药管理部门、中医药大学等，这些部门颁发的证书都是经过严格考核和认证的，具有一定的权威性和可信度。

国家中医药管理局是中华人民共和国国务院直属事业单位，负责全国中医药事业的管理和发展工作，国家中医药管理局下设多个部门，包括针灸科、推拿科等，这些部门都会定期组织培训和考核，以确保针灸师的专业水平和技能达到一定标准，在国家中医药管理局颁发的证书上，会有“国家中医药管理局”字样，这是最具有权威性的证书之一。

各省市中医药管理部门也会对针灸师进行培训和考核，并颁发相应的证书，这些证书虽然不如国家中医药管理局颁发的证书那么权威，但在当地也是非常有含金量的，如果你想在某个地区从事针灸工作，那么这个地区的中医药管理部门颁发的证书可能更适合你。

中医药大学作为培养中医药人才的重要机构，也会对针灸师进行专业培训和考核，并颁发相应的证书，这些证书在行业内也是有一定认可度的，不过需要注意的是，不同中医药大学的教学质量和声誉可能会有所不同，所以在选择学校时需要多加注意。

无论选择哪个部门颁发的中医针灸师证书，都需要认真对待学习和实践过程，不断提高自己的专业水平和技能，只有这样才能在未来的工作中取得更好的成绩。