心理咨询师证书是由国家卫生健康委员会(原卫生部)颁发的，是国家对心理咨询专业人员的职业资格认证，不同的部门可能会有不同的认证标准和考试要求，哪个部门发的心理咨询师证书最好，这个问题并没有一个明确的答案。

我们需要了解各个部门的认证流程和标准，国家卫生健康委员会的认证流程包括报名、参加培训、参加考试、通过考试、领取证书等步骤，而其他部门的认证流程可能会有所不同，一些地方可能还需要进行实习或者工作经历的要求。

我们需要考虑各个部门的认证标准，国家卫生健康委员会的认证标准主要包括专业知识和技能的要求，以及对心理咨询师的基本素质和职业道德的要求，而其他部门的认证标准可能会有所不同，一些部门可能会对心理咨询师的个人背景和经验有更高的要求。

我们需要考虑各个部门的认证权威性和认可度，国家卫生健康委员会的认证具有很高的权威性和认可度，因为它是国家层面的职业资格认证机构，而其他部门的认证可能在某些地区或者行业内有一定的认可度，但是在全国范围内的认可度可能会较低。

虽然我们不能说哪个部门发的心理咨询师证书最好，但是我们可以说，国家卫生健康委员会颁发的心理咨询师证书具有最高的权威性和认可度，如果你想成为一名专业的心理咨询师，那么建议你选择这个部门颁发的证书。