一是在省级中医药管理部门进行备案，二是在市级中医药管理部门进行备案，具体的备案地点需要根据所在地区的实际情况来确定。

我们来看一下在省级中医药管理部门进行备案的情况，根据《中华人民共和国中医药法》和《中医(针灸)师执业资格注册管理暂行办法》，中医针灸师证书的颁发和管理由省级中医药管理部门负责，想要在省级中医药管理部门进行备案的中医针灸师证办理机构，需要先向所在地省级中医药管理部门提交相关材料，包括但不限于：

1、申请表：填写完整的中医针灸师证办理机构备案申请表；

2、法人身份证明：提供中医针灸师证办理机构的法人身份证明；

3、营业执照：提供中医针灸师证办理机构的营业执照复印件；

4、组织机构代码证：提供中医针灸师证办理机构的组织机构代码证复印件；

5、税务登记证：提供中医针灸师证办理机构的税务登记证复印件；

6、中医针灸师师资力量证明：提供中医针灸师师资力量的相关证明材料，如教师资格证书、职称证书等；

7、教学设施和教学场地证明：提供中医针灸师证办理机构的教学设施和教学场地的相关证明材料，如房屋租赁合同、产权证明等；

8、教学质量保证体系：提供中医针灸师证办理机构的教学质量保证体系的相关材料，如教学计划、教学大纲、教材等；

9、中医针灸师培训课程设置及教材编写情况：提供中医针灸师培训课程设置及教材编写的相关材料；

10、其他相关材料。

在提交完以上材料后，省级中医药管理部门会对中医针灸师证办理机构的申请进行审核，审核通过的，将为其颁发中医针灸师证书，并在其官方网站上进行备案公示，备案公示期一般为15个工作日，无异议的，即可正式备案。

我们来看一下在市级中医药管理部门进行备案的情况，对于一些规模较小或者业务范围较窄的中医针灸师证办理机构，可以选择在市级中医药管理部门进行备案，具体操作流程如下：

1、填写《中医(针灸)师执业资格注册申报表》；

2、提供相关的申请材料，包括但不限于：法人身份证明、营业执照、组织机构代码证、税务登记证、中医针灸师资力量证明、教学设施和教学场地证明、教学质量保证体系、中医针灸师培训课程设置及教材编写情况等；

3、将填好的申报表和相关材料提交给所在地市级中医药管理部门；

4、市级中医药管理部门对申报材料进行审核；

5、审核通过的，将为其颁发中医针灸师证书，并在其官方网站上进行备案公示，备案公示期一般为15个工作日，无异议的，即可正式备案。

无论是在省级还是市级中医药管理部门进行备案，都需要按照相关法律法规和政策要求，提供真实、完整、有效的申请材料，还需关注当地政府发布的最新政策动态，确保自己的备案申请符合最新的要求。