在回答您的问题之前，我需要先澄清一下：理疗店的针灸师通常是由卫生部门认可的医疗专业人员，他们需要持有有效的医疗执业证书才能进行针灸治疗，如果您所说的“理疗店针灸师证”是指这个证书，那么它通常是不能单独使用的，必须与相应的医疗执业资格证书一起使用才能合法从事针灸治疗。

您提到的“理疗店针灸师证”可能指的是其他的证书或培训课程，这些证书或课程的内容和质量可能会有所不同，在这种情况下，是否可以用于合法的针灸治疗，主要取决于该证书或课程是否得到了相关部门的认可。

如果您现在已经拥有了这样的证书或课程，但不确定它是否可以在理疗店使用，我建议您直接联系相关的健康管理部门或者咨询专业的法律顾问，他们能够为您提供最准确、最具体的建议。

如果您还没有这样的证书或课程，您也可以考虑参加正规的医疗教育和培训项目，以便获得必要的资质，有许多知名的医学院校和培训机构提供针灸相关的课程和培训，例如北京中医药大学、上海中医药大学等。

无论您是想要在理疗店使用针灸技术，还是想要自己开设理疗店提供针灸服务，都需要确保自己拥有合法的资质和证书，只有这样，您才能够合法地开展业务，同时也能够保护自己的权益。