针灸师证的颁发部门有很多，其中比较权威的有国家中医药管理局、各省市中医药管理部门、中医药大学等，这些部门颁发的针灸师证书都是经过严格的考核和认证的，具有一定的含金量，不同部门颁发的针灸师证书在实际应用中可能会有所不同，具体哪个部门颁发的好一点需要根据个人情况和需求来选择。

如果您想在医院或诊所从事针灸工作，建议您选择国家中医药管理局或各省市中医药管理部门颁发的针灸师证书，这些证书在全国范围内都具有较高的认可度，可以为您的工作提供更好的保障。

如果您想继续深造或者从事科研教学工作，可以选择中医药大学颁发的针灸师证书，中医药大学在针灸领域有着较为深厚的研究基础和教学经验，因此其颁发的针灸师证书也具有一定的权威性。

无论您选择哪个部门颁发的针灸师证书，都需要注重自身素质和能力的提升，不断学习和实践，才能更好地发挥自己的专业技能。