中医针灸师证书的颁发机构有很多，其中比较有名的有中国中医科学院、北京中医药大学、上海中医药大学等，这些机构都是国家中医药管理局直属的高等学府，拥有着丰富的教学经验和优秀的师资力量，可以为学员提供高质量的教育和培训。

还有一些地方性的中医针灸师培训机构也值得考虑，广东省中医药学会、山东省中医药学会等都设有中医针灸师培训班，这些机构通常会与当地的医院或诊所合作，为学员提供实践机会。

无论选择哪个机构进行学习，都需要认真了解其课程设置、教学质量、师资力量等方面的情况，以便做出最适合自己的选择，还需要注意证书的合法性和认可度，避免上当受骗。