中医针灸师证书的颁发主要由国家卫生健康委员会主管，各省、自治区、直辖市卫生健康委员会负责具体实施，还有一些行业协会和培训机构也会颁发相关的证书。

国家卫生健康委员会是中医针灸师证书的主要颁发机构，根据《中华人民共和国医师法》和《中华人民共和国中医药法》，具有中医药专业技术职务任职资格的人员，应当经过考核合格，取得相应的中医药专业技术职务任职资格证书，针灸师属于中医药专业技术职务范畴，想要获得中医针灸师证书，需要通过国家卫生健康委员会组织的考核，并获得相应的职称评审结果。

各省、自治区、直辖市卫生健康委员会也会对本地区的中医针灸师进行考核和管理，这些地区可能会根据自身的实际情况制定相应的考核标准和程序，但最终的证书仍然需要由国家卫生健康委员会认可并颁发。

一些行业协会和培训机构也会提供中医针灸师培训课程和考试服务，这些机构通常会与国家卫生健康委员会或各省、自治区、直辖市卫生健康委员会合作，共同组织中医针灸师的考核和证书颁发工作，中国中医药协会、中华医学会等都是具有一定权威性的行业协会和组织，在这些组织中获得的证书也具有一定的认可度和含金量。

中医针灸师证书的颁发主要由国家卫生健康委员会主管，各省、自治区、直辖市卫生健康委员会负责具体实施，一些行业协会和培训机构也会颁发相关的证书，无论是通过哪种途径获得的中医针灸师证书，都需要具备一定的专业知识和技能才能胜任相关工作。