中医针灸师证办理机构有很多，以下是一些常见的机构：

1、中国中医科学院针灸研究所：该研究所是国内最早开展针灸科学研究的单位之一，也是国家中医药管理局直属事业单位，你可以接受到最专业的针灸培训和考核。

2、北京中医药大学东方医院：该医院是北京中医药大学附属医院之一，拥有一支高水平的针灸专家团队，你可以参加到各种级别的针灸培训班和考试。

3、上海中医药大学附属岳阳中西医结合医院：该医院是上海市重点中医院之一，也是全国首批示范性中西医结合医院之一，你可以接受到中西医结合的针灸培训和考核。

4、广州中医药大学第一附属医院：该医院是广东省重点中医院之一，也是全国首批示范性中西医结合医院之一，你可以接受到中西医结合的针灸培训和考核。

5、成都中医药大学附属医院：该医院是四川省重点中医院之一，也是全国首批示范性中西医结合医院之一，你可以接受到中西医结合的针灸培训和考核。

6、其他各省市的中医药高等专科学校或大学附属医院：这些院校也都有专门的针灸专业和课程设置，并且会提供相应的证书考试机会，南京中医药大学、浙江中医药大学、山东中医药大学等等。

需要注意的是，在选择办理机构时一定要慎重考虑，并进行充分了解和比较，最好选择那些有良好口碑和丰富经验的机构进行学习和考试，还需要根据自己的实际情况和需求来确定所要学习的内容和级别。