针灸师证的发放部门主要有两个，分别是国家中医药管理局和各省、自治区、直辖市中医药管理部门，这两个部门都是经过国家授权的权威部门，负责针灸师资格的认证和管理。

国家中医药管理局是中华人民共和国国务院设立的部门，负责全国中医药事业的管理和监督，其主要职责包括制定中医药发展规划、政策和标准，组织实施中医药科研、教育、人才培养和技术推广等工作，以及对中医药行业的监督管理，国家中医药管理局下设多个司局，其中包括针灸师资格认证与管理司，负责全国针灸师资格的认证工作。

各省、自治区、直辖市中医药管理部门则是在国家中医药管理局的指导下，负责本行政区域内的中医药管理工作，这些部门主要负责本地区中医药行业的发展规划、政策制定和实施，以及对本地区中医药从业人员的培训、考核和管理，各省、自治区、直辖市中医药管理部门也会参与针灸师资格的认证工作，但其认证结果需要报送国家中医药管理局备案。

针灸师证的发放部门主要是国家中医药管理局和各省、自治区、直辖市中医药管理部门，这两个部门都是经过国家授权的权威部门，负责针灸师资格的认证和管理，在选择针灸师培训机构时，应确保该机构具备国家中医药管理局或各省、自治区、直辖市中医药管理部门的资质认证，以确保获得的针灸师证书具有权威性和有效性，考生还需关注针灸师证的相关政策和法规，以便更好地适应行业发展和市场需求。