针灸师资格证的发放主要由国家卫生健康委员会负责，各级卫生行政部门和中医药管理部门协助，具体的发证机构可能因地区而异，通常包括以下几类：

1、省级卫生行政部门：在各省、自治区、直辖市设立卫生行政部门，负责本地区的针灸师资格证的发放和管理，北京市卫生健康委员会、上海市卫生健康委员会等。

2、市级卫生行政部门：在各市、地级市设立卫生行政部门，负责本地区的针灸师资格证的发放和管理，深圳市卫生健康委员会、广州市卫生健康委员会等。

3、县级卫生行政部门：在各县、县级市设立卫生行政部门，负责本地区的针灸师资格证的发放和管理，义乌市卫生健康委员会、诸暨市卫生健康委员会等。

4、中医药管理部门：国家中医药管理局是全国中医药行业的主管部门，负责制定和实施中医药政策、法规和技术标准，中医药管理部门也参与针灸师资格证的发放和管理。

5、培训机构：为了培养合格的针灸师，各地设有专门的培训机构，如中医药大学、中医科学院等，这些培训机构负责组织培训和考核工作，学员完成培训后可以向培训机构申请颁发针灸师资格证。

6、社会组织：一些社会组织也参与针灸师资格证的发放和管理，如中国针灸学会、中国中医科学院等，这些组织通过组织学术活动、评审和认证等方式，推动针灸师资格证的发放和管理工作的开展。

针灸师资格证的发放涉及多个部门和机构，需要各级卫生行政部门和中医药管理部门共同协作，确保针灸师资格证的权威性和有效性，考生在申请针灸师资格证时，需要关注所在地区的发证机构和具体要求，按照规定程序进行申请和审核。