南京三级营养师证补办是一项专业性很强的工作，需要具备一定的专业知识和技能，如果您的南京三级营养师证丢失或损坏，可以通过以下步骤进行补办：

1、准备材料：您需要准备好本人身份证、原证书复印件、近期免冠彩色照片等材料。

2、填写申请表：您需要填写《江苏省职业资格证书补发申请表》，并按照要求加盖单位公章。

3、提交申请：将填好的申请表和相关材料交到南京市人力资源和社会保障局职业资格证书管理中心。

4、等待审核：市人社局会对您提交的材料进行审核，如果符合条件，会在一定时间内发放新的证书。

需要注意的是，不同地区的具体流程可能会有所不同，建议您在办理前先咨询当地相关部门或机构，以确保顺利完成补办手续。