中医针灸师证的颁发部门有很多，其中包括国家中医药管理局、各省市中医药管理局、中医药大学等，这些部门都有自己的考核标准和流程，所以哪个部门颁发的好一点需要根据你自己的需求来决定。

如果你想在国内使用中医针灸师证书，那么建议你选择国家中医药管理局或者各省市中医药管理局颁发的证书，这些证书具有权威性和可信度，而且在国内外都有一定的认可度。

如果你想在国外使用中医针灸师证书，那么建议你选择中医药大学颁发的证书，因为这些大学的教育质量和教学水平都很高，而且在国际上也有一定的知名度。

无论你选择哪个部门颁发的中医针灸师证书，都需要认真考虑自己的需求和实际情况，并且要选择正规、权威、可信的机构进行学习和考试。