中医针灸师证是由卫生部承认的，这是毋庸置疑的，根据《中华人民共和国职业医师法》和《中华人民共和国中医药法》，经过正规培训并取得相应资格证书的人员，可以从事中医针灸工作。

在国家卫生健康委员会发布的《关于印发2018年全国医疗卫生事业发展统计公报的通知》中，明确提到了“加强中医药人才队伍建设，培养一批高水平的中医临床技术骨干和管理人才”，这也说明了卫生部对于中医针灸师证书的认可和重视。

各地人力资源和社会保障局也会定期举办中医针灸师职业技能鉴定考试，通过考试合格者可以获得相应的职业资格证书，这些证书都是由卫生部授权颁发的，具有法律效力和行业认可度。

中医针灸师证是卫生部承认的合法职业资格证书之一，持有该证书的人员可以在中医针灸领域内从事相关工作，但是需要注意的是，除了获得证书外，还需要不断学习和提高自己的技能水平，才能更好地服务于患者。