中医理疗师证书的颁发主要由卫生部、国家中医药管理局等相关部门负责，这些部门颁发的证书在社会认可度上并无太大差别，关键在于所学知识的专业性和实践能力，选择哪个部门颁发的中医理疗师证书并不一定是衡量一个理疗师水平高低的唯一标准。

我们来看一下卫生部颁发的中医理疗师证书，卫生部作为国家级部门，其颁发的证书具有较高的权威性，卫生部的培训课程相对较为基础，主要针对中医基础知识和理疗技术的学习，对于想要在理疗领域有更深入研究和发展的人士来说，卫生部的证书可能无法满足其需求。

国家中医药管理局颁发的中医理疗师证书也具有一定的权威性，国家中医药管理局是负责全国中医药事业管理和监督的部门，其颁发的证书在一定程度上代表了对理疗师专业能力的认可，国家中医药管理局还会定期组织中医理疗师的培训和考核，以确保持证人员的专业水平。

除了卫生部和国家中医药管理局外，还有一些地方性的卫生行政部门也会颁发中医理疗师证书，这些地方性的证书在一定程度上也具有一定的权威性，但由于地域限制，其认可度可能不如国家级部门颁发的证书。

选择哪个部门颁发的中医理疗师证书并不一定是衡量一个理疗师水平高低的唯一标准，在选择时，应根据自己的兴趣和发展方向来决定，无论选择哪个部门颁发的证书，都需要不断提升自己的专业技能和实践经验，才能在竞争激烈的理疗市场中脱颖而出。