健康咨询师证书是由多个部门颁发的，具体取决于所在国家和地区的法规，在一些国家，如美国，健康咨询师证书通常由专业组织或教育机构颁发，而在其他国家，如中国，则由政府部门或卫生部门颁发。

在美国，健康咨询师证书通常由美国心理学会(APA)或美国婚姻家庭治疗协会(AMFT)等专业组织颁发，这些组织会对申请人进行严格的资格审核，确保其具备足够的专业知识和技能，通过考试并满足其他要求后，申请人可以获得健康咨询师证书，一些大学和社区学院也会提供健康咨询师课程，学生在完成课程并通过考试后，可以获得学校颁发的健康咨询师证书。

健康咨询师证书通常由卫生部门或人力资源社会保障部门颁发，卫生部门负责制定相关法规和标准，以确保健康咨询师具备足够的专业知识和技能，人力资源社会保障部门则负责管理和监督健康咨询师的职业资格认证工作，想要成为一名合格的健康咨询师，需要参加由卫生部门或人力资源社会保障部门指定的培训课程，并通过相应的考试，考试合格后，申请人可以获得健康咨询师证书。

健康咨询师证书的颁发部门因国家和地区而异，但通常都是由专门的组织或政府部门负责，这些组织会对申请人进行严格的资格审核，确保其具备足够的专业知识和技能，在寻求健康咨询师服务时，务必核实咨询师的资格证书和执业背景，以确保自己的权益得到保障。