健康管理师证书的发放主要由国家卫生健康委员会(原卫生部)负责，各级卫生健康行政部门和人事行政部门共同参与，具体的发证机构可能因地区而异，通常包括以下几个层级：

1、国家卫生健康委员会：作为最高级别的健康管理师证书发证机构，国家卫生健康委员会负责制定全国性的健康管理师职业标准和培训大纲，对全国的健康管理师考试和证书颁发进行统一管理和监督。

2、省级卫生健康行政部门：在国家卫生健康委员会的指导下，各省、自治区、直辖市卫生健康行政部门负责本地区的健康管理师证书发放工作，这些部门会根据国家卫生健康委员会的要求，组织本地的健康管理师考试，并对合格的考生颁发证书。

3、市级卫生健康行政部门：在省级卫生健康行政部门的指导下，各市、区、县级卫生健康行政部门负责本辖区内的健康管理师证书发放工作，这些部门会根据省级卫生健康行政部门的要求，组织本地区的健康管理师考试，并对合格的考生颁发证书。

4、人事行政部门：人事行政部门负责与卫生健康行政部门合作，共同管理健康管理师证书的发放工作，他们会根据卫生健康行政部门提供的考生名单和成绩，为获得证书的考生办理相关手续。

5、培训机构：为了保证健康管理师的专业素质和能力，国家卫生健康委员会会授权一些专业的培训机构开展健康管理师培训工作，这些培训机构负责组织培训课程、收取培训费用、组织学员参加考试等事宜，并协助卫生健康行政部门完成证书发放工作。

健康管理师证书的发放涉及到多个部门的协同合作，旨在确保健康管理师的专业素质和能力得到充分保障，考生在通过考试后，可以向相应的发证机构咨询详细的证书发放流程和要求。