冬虫夏草在临床上一般需要配合大枣、桂圆等具有补益功能的中药使用，或者与鸡肉、羊肉等调制成药膳，其补益效果才能更加显著。
至于与何种药物配合服用，应由中医专家根据病情而定，不可随意配服。盲目进补冬虫夏草只会起到相反的作用。
比如，感冒时引起的咳嗽或其他急性咳嗽，就不适合服用冬虫夏草，否则不但不能止咳，反而会使咳嗽加重，而且缠绵难愈，影响其他药物的疗效。在治疗慢性支气管炎时，冬虫夏草也只能在无痰或少痰时服用。
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即使主治肺肾两虚的久咳气喘，冬虫夏草也只能作为辅助用药，且要在痰少或无痰时才能用。对于过敏性哮喘，冬虫夏草基本上没有任何功效。此外，对于坊间传言，冬虫夏草具有益肾功能，也只限于轻微的肾功能不良，对于肾功能衰竭者则无效。
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